インボイス制度は、2023年10月から始まった新しい消費税制度で、会社設立後の取引や税務処理に大きな影響を与えます。適格請求書発行事業者として登録するかどうかで、取引先からの信頼や仕入税額控除の可否が変わり、経営判断にも直結します。本記事では、制度の仕組みや登録タイミングごとのメリット・デメリット、事前準備や登録方法を分かりやすく解説します。
インボイス制度とは？会社設立にどう関係するのか
インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」と呼ばれ、消費税の仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の発行・保存が義務付けられる制度です。2023年10月に導入されてからは、「適格請求書発行事業者」として登録された事業者のみがインボイスを発行でき、仕入先も登録事業者からのインボイスがないと控除が認められなくなりました。
インボイス制度が導入された背景には、消費税制度の透明性向上と不正防止の必要性があります。従来の請求書方式では不正な仕入税額控除や記載ミスが起きやすく、適正な課税が困難でした。また、免税事業者による「益税」の問題もあり、税負担の公平性を確保するためにも制度の見直しが求められていました。複数税率への対応や国際的な取引基準への適合も制度導入の要因としてあります。
インボイス制度が導入されてから、消費税の仕入税額控除を受けるための請求書等の記載方法は大きく変わりました。そして会社設立時点から適格請求書発行事業者として登録すれば、取引先からの信頼が高まり、取引の拡大につながることが期待されるようになりました。
一方で、登録を怠ると、仕入先や顧客が仕入税額控除を受けられなくなるなど、取引条件が不利になるケースがでてきました。特にBtoB取引が中心の法人では、インボイス未登録の取引先とは取引を控えるケースも増えているため、注意が必要です。
インボイス登録はいつすればよいか
インボイス制度に基づく適格請求書発行事業者の登録は、会社設立後いつ行えばよいでしょうか。実は、登録時期によって、取引先からの信頼度や税務上のメリット・デメリットが異なります。会社設立と同時にインボイス登録を行う場合と、免税期間が過ぎてから登録する場合の２つについて、それぞれのメリットとデメリットを解説します。
会社設立と同時に行う場合のメリット・デメリット
| メリット | デメリット |
| 取引の幅が広がりやすくなる | 消費税の免税期間中であっても消費税の納付義務が発生してしまうおそれがある |
| 消費税の仕入税額控除が受けられる | 消費税の会計処理・申告義務の発生による、事務作業コストが増える |
| 消費税の還付を受けられる可能性がある |
主なメリットとしては、最初から取引先に対して適格請求書を発行できるため、取引の幅が広がりやすくなります。特にBtoB取引が多い業種では、登録事業者とのみ取引を続ける企業も増えているため、登録済みでないと取引が制限される可能性もあるでしょう。また、登録しておけば、消費税の仕入税額控除も受けられるため、資金繰り面でも有利になることが期待できます。
一方、会社設立時に登録すると、消費税の免税期間中であっても消費税の申告・納付義務が発生する点はデメリットです。免税事業者として消費税納付が免除される期間を利用できないため、キャッシュフローへの影響を慎重に見極めなければなりません。また、制度開始直後は手続きに不慣れなことも多く、管理コストや事務負担が増える可能性もあるでしょう。
免税期間が過ぎてから行う場合のメリット・デメリット
| メリット | デメリット |
| 事業が軌道に乗ってからの対応になるため事務負担が軽減される | 取引条件が不利になり、ビジネスチャンスを逃す可能性がある |
免税期間を活用し、消費税の納付義務を回避して資金繰りを安定させてからインボイス登録を行うと、会社設立直後の資金負担を軽減でき、経営の立ち上げ期を乗り切りやすくなるメリットがあります。登録は後からでも可能なので、事業が軌道に乗ってから手続きをすすめようというのは一つの選択肢として合理的です。
しかし、登録を遅らせることで、免税事業者として取引先にインボイスを発行できず、取引先が仕入税額控除を受けられないことから取引条件が不利になる可能性がある点はデメリットになります。特に、適格請求書発行事業者を優先する企業が増える中、取引の制限や信用低下につながるリスクがあります。結果的に、ビジネスチャンスを逃す可能性がある点には注意が必要です。
インボイス制度導入の事前準備
インボイス制度の導入に向けて、売り手側・買い手側おのおのの準備が肝心です。そこで本章では、売り手・買い手双方が取るべき具体的な準備と注意点を解説します。
売り手側の備え
- 適格請求書発行事業者の登録申請
- 請求書への記載
- 経理担当者の理解
売り手側は、インボイス制度の要となる「適格請求書」を発行するために、まず適格請求書発行事業者としての登録申請を完了させる必要があります。登録番号は請求書に必須記載項目となるため、発行体制を早急に整えることが重要です。
さらに、請求書のフォーマットを見直す必要があります。従来の請求書に加え、適格請求書として必要な「登録番号」「消費税額の内訳」などの情報の追記が必要です。請求書を発行する場合には、消費税区分ごとの税率や税額を明記し、ミスなく記載できるシステムを導入すると良いでしょう。
また、経理担当者には制度の基本知識を教育し、インボイス発行から申告までの流れを理解させることも大切です。
買い手側の備え
- 適格請求書の管理体制を整える
買い手側は、仕入税額控除を正しく受けるために、適格請求書の管理体制を整えることが最優先です。仮に、インボイス制度導入前は単なる領収書や簡易請求書で済ませていたのであれば、制度開始後は適格請求書かどうかを厳密にチェックする必要があります。たとえば、取引先ごとに適格請求書発行事業者かどうかの確認リストを作成し、登録番号の有無をチェックするようにします。登録番号がない場合は仕入税額控除ができないため、取引先に登録を促したり、契約条件の見直しを検討する必要が出てきます。
さらに、受け取った請求書の管理方法も見直す必要があります。従来は紙で保管していたものを電子化し、検索や管理が容易なシステムに移行する企業も増えています。インボイス対応のために請求書管理ソフトを導入するなどし、消費税の税率ごとに自動で集計できる体制を整えましょう。
インボイス登録方法
インボイス制度への登録は、会社設立後の重要な手続きの一つです。正しく登録を行わなければ、適格請求書を発行できず取引先の仕入税額控除に影響を与えるため、ビジネスに悪影響を及ぼす可能性があります。
本章では、申請用紙の準備から登録完了までの具体的な手順を段階ごとに解説し、スムーズにインボイス登録を完了させるためのポイントをわかりやすく紹介します。
適格請求書発行事業者用の申請用紙を用意
インボイス登録の第一歩は、国税庁が提供する「適格請求書発行事業者登録申請書」を用意することです。この申請用紙は国税庁の公式ウェブサイトからダウンロード可能で、紙での提出と電子申請のどちらも選べます。
申請書はシンプルに見えますが、記入漏れや誤記入があると審査に時間がかかるため、最新のフォーマットを必ず使用し、注意深く準備しましょう。また、申請書は会社設立後すぐに準備しておくことが望ましく、登録申請の締切日や制度開始日も確認しておくとスムーズです。
申請書へ必要な情報を記入
申請書には会社名、所在地、代表者名、法人番号などの基本情報に加え、適格請求書発行事業者として登録を希望する開始年月日を記入します。開始年月日は、申請書提出日以降の日付で設定可能ですが、早めに設定すると取引先からの信頼を得やすくなります。
さらに、役員の氏名や連絡先、事業内容の簡単な説明も必要です。記入内容に不備があると審査遅延の原因となるため、記入前に公式ガイドラインを確認し、正確な情報を記入しましょう。
なお、免税事業者がインボイス登録申請を行う場合、通常の申請内容に加えて、消費税の課税事業者選択届出書を提出しているかどうかの情報を記載しなければなりません。免税事業者は本来、消費税の納税義務が免除されていますが、インボイス登録を行うことで課税事業者となり、消費税申告・納付義務が発生します。そのため、免税事業者の場合は課税事業者選択届出の提出状況を正確に記載し、制度変更に伴う税務処理の準備ができていることを示す必要があります。これを怠ると申請が却下される可能性があるため注意が必要です。
申請書をインボイス登録センターへ送付
必要事項を記入した申請書は、所定のインボイス登録センターへ郵送、または電子申請システムを通じて送付します。郵送の場合は、書類の控えを必ず手元に残し、追跡可能な方法（簡易書留や宅配便）で送るのがおすすめです。電子申請の場合は、国税庁のe-Taxシステムを利用し、ログインIDやパスワードの準備が必要です。
申請書の受付日が登録日の基準となるため、提出期限を守ることが大切です。期限後の申請は登録開始が遅れるリスクがあるため、余裕を持って手続きを行いましょう。
審査完了後に届く「登録番号入り通知書」を確認する
申請書が受理されると、国税庁による審査が行われ、問題がなければ「適格請求書発行事業者登録通知書」が送付されます。この通知書には、登録された適格請求書発行事業者の登録番号が記載されており、インボイスの発行時に必須となる重要な番号です。
通知書が届いたら、登録内容に誤りがないかを速やかに確認しましょう。登録番号は請求書や領収書などに必ず記載し、取引先に提供することで信頼を得られます。もし通知が遅延したり、内容に疑問がある場合は速やかに所轄の税務署に問い合わせましょう。
インボイス登録申請時のチェックポイント
インボイス登録申請をスムーズに進めるためには、いくつかのポイントを押さえましょう。本章では、申請時に特に注意したい３つのチェックポイントをわかりやすく解説します。
登録期限内に申請手続きを完了させる
インボイス登録には申請期限が設けられており、この期限内に申請を完了させることが必須です。期限を過ぎると、登録開始日が遅れるか、最悪の場合適格請求書を発行できない期間が生じ、取引先との信頼関係に悪影響を及ぼすかもしれません。
特に新設法人は設立日や事業開始日を踏まえ、申請手続きは余裕を持って行いましょう。また、期限は国税庁の告知や最新情報で変動することがあるため、常に公式サイトで最新情報を確認することが大切です
記入ミスや空欄がないか最終チェックを行う
申請書類の記入内容にミスや空欄があると、審査の遅延や申請の不受理につながります。特に法人名や代表者名、法人番号、登録開始日などの基本情報は正確かつ最新の情報を記載することが不可欠です。また、免税事業者の場合は追加で必要な書類や情報も漏れなく添付・記載しているか、申請書全体を提出前に入念に確認しましょう。記入ミスは、申請者本人だけでなく取引先にも迷惑をかけることになるため、細心の注意が必要です。
可能であれば複数人でチェックを行い、間違いや抜け漏れを防ぐ体制を作ります。書面申請の場合はコピーを残し、電子申請では送信内容の保存も忘れないようにしましょう。
登録解除を希望する際は別途手続きが必要
もし、一度登録した適格請求書発行事業者の登録を解除したい場合は、単に登録申請を取り下げるだけでは済みません。国税庁に対して「適格請求書発行事業者の登録取消申請書」や「適格請求書発行事業者の登録取消届出書」を提出する必要があります。
解除の理由やタイミングによっては、税務上の影響や取引先への連絡など、慎重な対応が求められます。例えば、登録解除後はインボイスの発行ができなくなり、取引条件に影響が出ることも考慮しなければなりません。解除を検討する場合は事前に専門家に相談し、必要な手続きや周知事項を十分に把握してから進めましょう。
まとめ
インボイス制度は、消費税の透明性と公平性を高める一方、会社設立時からの対応が取引条件や資金繰りに直結する重要な制度です。
早期登録による信頼獲得や仕入税額控除のメリットがある一方、免税期間を活かした後登録にも合理性があります。
どちらを選ぶにしても、制度の理解と準備が欠かせません。
ビジネスチャンスを逃さず安定した経営につなげるためにも、よく検討しましょう。
はぎぐち公認会計士・税理士事務所では、会社設立のインボイス登録に関するご相談も承っております。
どうぞ、お気軽にお問い合わせください。
